De missie van het Museum Maluku is om het erfgoed van de Molukse gemeenschap in Nederland te verzamelen, te bewaren, te onderzoeken en te presenteren. Het museum voert haar missie uit door middel van het maken van tentoonstellingen, het uitvoeren en (laten) uitvoeren van onderzoek, het (mede-)organiseren van voorstellingen, bijeenkomsten, workshops en debatten.

MUMA opereert vanuit de visie dat de Molukse gemeenschap een eigen karakter heeft maar ook een integraal deel uitmaakt van de Nederlandse samenleving. Tegelijkertijd sterke banden heeft met het gebied van herkomst, de Molukken. Het erfgoed van Molukkers weerspiegelt deze positie.